En abril de 2012, Vladimir Paz de la Barra, Consejero del Consejo Nacional de la Magistratura (CNM), denunció al también Consejero Gonzalo García Núñez por haber omitido informar al CNM que el magistrado Zapata Corrales, postulante a ratificación, tenía registrada una reserva de fallo condenatorio. García Nuñez fue ponente en ese caso, votado en enero de 2012. Según el denunciante, si García Nuñez hubiera reportado el hecho, el magistrado Zapara Corrales no habría sido ratificado.
García Núñez acreditó durante la investigación que la reserva de fallo condenatorio del magistrado Zapata Corrales no fue ocultada a los Consejeros. Las investigaciones confirmaron que la sentencia fue entregada y empleada de manera efectiva durante la entrevista que se tomó al postulante. La reserva de fallo condenatorio se mencionó, además, expresamente en la presentación del expediente efectuada por el Consejero García Nuñez.
La reserva de fallo condenatorio fue impuesta al magistrado Zapata Corrales en enero de 2005, mientras era ejecutor coactivo. El periodo de prueba venció el 26 de enero de 2007. En su caso, el Consejo consideró imposible aplicar la Ley Nº 29277, Ley de la Carrera Judicial, que efectivamente habría impedido su ratificación en tanto la norma fue promulgada en el año 2009, cuando el periodo de prueba ya había vencido.
El caso fue desestimado por el Fiscal de la Nación, Dr. José Antonio Peláez Bardales en enero de 2014.
El Consejero Paz de la Barra presentó una segunda denuncia en julio de 2014, alegando que una solicitud de vacancia del Consejero García Núñez presentada por la Consejera Guzmán Díaz por los mismos hechos, y una convocatoria a Pleno para discutir el caso, constituían hechos nuevos. El Fiscal de la Nación en ejercicio en aquel momento, Dr. Carlos Américo Ramos Heredia, ordenó el reexamen del caso en agosto de 2014. Pero en octubre de 2015, el recién nombrado Fiscal de la Nación, Dr. Pablo Sánchez Velarde, desestimó el caso de manera definitiva por segunda vez.