En marzo de 1993 un consorcio liderado por Aerovías de México ganó la subasta convocada por el Estado Peruano para sacar al mercado las acciones de Aeroperú, hasta entonces la línea de bandera del Estado peruano. La empresa estaba en pésima situación económica y financiera. El desorden en la administración era tal que el Estado no pudo hacer aprobar el balance de la empresa sino hasta 1996.
En 1998, ingresa Delta Airlines como accionista y luego de un frustrado intento de concretar una inversión con Continental Airlines, la empresa solicitó ser declarada en insolvencia y Top Consulting Management fue elegido para conducir el proceso de reestructuración patrimonial.
Anunciada la insolvencia de Aeroperú, en marzo de 1999 dos congresistas solicitaron la intervención de la Fiscalía para investigar las condiciones en que se realizó la subasta de 1993. En el año 2001 una segunda denuncia solicitó que las investigaciones se extiendan para revisar la forma en que la empresa había sido conducida por Aerovías de México. En el año 2003 una tercera denuncia solicitó que se investiguen las condiciones en las que se siguió el procedimiento de reestructuración patrimonial.
La investigación judicial sobre la subasta comenzó en junio del 2001 bajo las reglas de la colusión. La Fiscalía Superior desestimó los cargos en julio del 2003. La Fiscalía Suprema ratificó esta decisión en enero del 2004. En abril de ese año la Sala Penal a cargo del caso declaró el sobreseimiento. Luego de un intento de reabrir el procedimiento, la Segunda Sala Penal Transitoria de la Corte Suprema de Justicia declaró el caso definitivamente cerrado por Ejecutoria el 13 de mayo del 2008.
En diciembre de 2002 se dio inicio a un segundo procedimiento penal destinado a establecer si la administración del negocio había concedido ventajas a Aerovías de México por encima de la propia empresa. En junio del 2004 un peritaje concluyó que no existía evidencias de fraude en la gestión derivada de la privatización. El caso fue desestimado en noviembre del 2006 por prescripción.
Una tercera denuncia, esta vez dirigida a establecer si los balances de la empresa fueron adulterados, fue desestimada en abril del 2009. La decisión fue confirmada por la Sala a cargo del caso en julio de 2010.
En noviembre del 2002 la Fiscalía presentó una nueva denuncia, esta vez suponiendo que el contrato de transferencia de acciones de abril de 1993 había concedido al Consorcio liberado por Aerovías ventajas que no habían sido establecidas en las bases de la subasta. Las ventajas en cuestión correspondían a una ampliación en un año del periodo durante el cual el Estado debía responder por contingencias que no hubieran sido reportadas al momento de hacerse la subasta de marzo de 1993. En junio de 2004 los peritos contables llamados por el Juez para analizar los hechos presentaron un informe confirmando que la ampliación del plazo de coberturas había sido incorporada en el contrato una vez que se confirmó que el Estado no podría lograr que los auditores independientes convocados pata el proceso aprobaran el balance de la empresa, conforme se había establecido en las bases del concurso. Además los peritos concluyeron que esta extensión no había producido perjuicios patrimoniales al Estado.
En septiembre de 2011 la Fiscalía propuso la conclusión del procedimiento por prescripción
Este último procedimiento fue archivado en agosto del 2012.