En 1998 el Banco Latino, finalmente disuelto, comenzaba a entrar en crisis a consecuencia del déficit de provisiones que la Superintendencia de Banca y Seguros había identificado en su última inspección. Para evitar las consecuencias asociadas a la intervención, el Ministerio de Economía y Finanzas invitó al mayor acreedor del banco, la Corporación Financiera de Desarrollo (en adelante COFIDE), a capitalizar sus acreencias, convirtiéndolas en acciones. COFIDE aceptó esta invitación y acordó promover la capitalización de sus acreencias en el banco. El banco aprobó la capitalización y la SBS y el Ministerio aprobaron la operación en diciembre.
En julio de 2002, la Fiscalía anunció que investigaría la operación como un caso de malversación de fondos del Estado. La fiscalía sostuvo que la capitalización era una forma de desvío ilegal de fondos, que los fondos de COFIDE debían ser tratados como fondos públicos administrados por COFIDE y que no existía justificación legal que autorizara emplear esos fondos para evitar la intervención de un banco privado.
En julio de 2004 el juzgado que recibió la denuncia desestimó los cargos propuestos por malversación y abrió procedimiento de instrucción bajo las reglas del delito de fraude en la administración de personas jurídicas. La decisión fue anulada en setiembre del 2006. La Sala que recibió el caso en apelación ordenó que los hechos sean investigados como un caso de malversación agravada por el uso de fondos que debían ser empleados para la promoción del desarrollo. La norma había sido incluida en el Código Penal en julio de 1999, siete meses después de los hechos. Demandada por vía constitucional por esto, la Sala intento salvar su responsabilidad declarando, en diciembre de 2006 que “en realidad” había querido ordenar que el procedimiento se siga bajo el agravante asociado al uso de fondos asistenciales, vigente desde junio de 1993.
Por sentencia constitucional de abril de 2007 la Sala que conoció la demanda anuló la resolución de septiembre del 2006, declarando insatisfactoria la aclaración. Sin embargo el hecho fue llevado nuevamente a proceso bajo la misma regla. La acusación se presentó en marzo de 2012.
Una nueva demanda constitucional fue desestimada por el judicial en abril de 2013. Sin embargo, en mayo de ese año la Sala admitió que el agravante por el uso de fondos asistenciales no podía aplicarse al caso, ordenado la conclusión del proceso por prescripción.
Por los mismos hechos el Superintendente Naranjo Landerer fue exonerado de responsabilidad y el Ministro Baca Campodónico condenado en marzo de 2009.
