En marzo de 2002, la Oficina Nacional de Procesos Electorales (ONPE) aprobó el Manual de Verificación de Firmas de Listas Adherentes para la inscripción de organizaciones políticas. El 26 de marzo del mismo año, el Jurado Nacional de Elecciones anuló la resolución por medio de la cual se aprobó el Manual y declaró que la competencia para la verificación de firmas de estos procedimientos correspondía a la RENIEC. La ONPE rechazó la medida públicamente. En atención a esta decisión , en marzo del mismo año, el Procurador Público del Jurado denunció al Jefe de la ONPE ante el Consejo Nacional de la Magistratura y ante el Ministerio Público por usurpación de funciones y desobediencia.
En abril de 2002, el Congreso de la República aprobó la Ley 27706, que con el ánimo de resolver la disputa declaraba que la cuestión sobre la verificación de firmas no había sido claramente regulada y, resolviendo el impasse, la entregaba a la RENIEC a partir de la fecha. En atención a esta Ley, en noviembre de 2002 , el Consejo desestimó los cargos presentados contra el Jefe de la ONPE ; declarando que el incidente se había producido a consecuencia de un un vacío legal que ya había sido completado.
En mayo de 2002, el caso penal presentado por la Fiscalía, que había acogido la denuncia del Jurado, fue desestimado. Pero una Sala de Apelaciones ordenó abrir el procedimiento de instrucción en agosto. En mayo de 2005, la Sala de Apelaciones aceptó una excepción propuesta por la defensa por falta de correspondencia entre los hechos denunciados y la ley aplicable, y declaró que no se podía considerar un delito el haber procedido en medio de un vacío legal que solo fue resuelto por el Congreso después de producida la disputa.