En junio de 2007, el Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones (MTC) concedió a Andean Railways un permiso para operar sobre la vía férrea Cuzco – Machu Picchu. Ferrocarril Trasandino, el único operador con derechos sobre esa referida vía desde 1999, objetó el permiso sosteniendo que Andean Railways no cumplía con determinados requisitos establecidos en la reglamentación administrativa del sector, relacionados con la experiencia en el transporte ferroviario en el Perú. Andean Railways denunció que exigir experiencia previa en el área recortaba de manera arbitraria el acceso de nuevos operadores al mercado. Atendiendo a esta denuncia los reglamentos fueron modificados en noviembre de 2009. En respuesta, uno de los accionistas de Ferrocarril Trasandino denunció los cambios como producto de una maniobra por colusión pactada entre los representantes de Andean Railways, las autoridades de OSITRAN y los representantes del MTC.
Sobre la base de los cambios introducidos en los reglamentos, el MTC concedió a Andean Railways los permisos solicitados. También concedió permisos a otras dos empresas, Inca Rail y Wyoming Railways.
La fiscalía investigó las condiciones en que se produjeron estas modificaciones entre diciembre de 2009 y mayo de 2011. Las investigaciones confirmaron que los cambios se había producido con ocasión de una denuncia promovida por Andean Railways ante Indecopi por la forma en que los reglamentos antiguos limitaban la competencia. En abril de 2011 el caso fue desestimado por la fiscalía. En mayo del mismo, esta decisión fue ratificada por la Fiscalía Superior.