Entre los años 2001 y 2005, Petrolera Transoceánica transportó crudo para Petroperú por los puertos de la costa peruana en base a una serie eslabonada de contratos firmados por exoneraciones sucesivas. El proceso fue sostenido por todo el tiempo que tomó a Petroperú sacar a concurso el servicio, sobre la base de que Transoceánica era propietaria de los buques de los que Petroperú había sido propietaria antes de ese periodo. La continuidad del servicio entonces podía explicarse por el menor costo relativo que desde el principio de ciclo generaba usar buques de capacidad de carga apropiada que ya estaban amarrados en puertos peruanos.
La Contraloría comenzó a cuestionar estos contratos en el año 2004, primero para el periodo 2001-2003. Asimismo, puso en duda que la interrupción de la continuidad del servicio generara una verdadera situación de emergencia que justificara las exoneraciones por las que estos contratos se sostenían. A consecuencia de estas observaciones, se desarrolló un primer caso que fue desestimado por decisión de la Fiscalía Superior en octubre de 2005, ratificada posteriormente por la Fiscalía Suprema en marzo de 2006.
Una segunda denuncia de la SUNAT, referida al periodo 2004 – 2005 cuestionó las cláusulas de performance o eficiencia operativa y los bonos de reconocimiento incluidos en los contratos, así como el régimen de sustitución de naves por mantenimiento. En abril de 2007, el caso fue desestimado , por lo que no se abrió instrucción. La decisión fue confirmada en octubre del mismo año.
Sin embargo, en setiembre de 2007, se abrió un tercer proceso sobre las condiciones en que se ejecutó la cláusula de reemplazo de naves por mantenimiento en el año 2004.
Conforme a la denuncia en el ejercicio correspondiente al año 2004, Petroperú asumió costos de reemplazo por un valor US$ 210,630 por encima del tope establecido para estos fines por las bases. El incremento del pago bruto se produjo por el empleo del Buque SUN durante el tiempo de mantenimiento del Buque Tanque Isabel Barreto. Durante las investigaciones se probó que la diferencia tenía una explicación: el buque SUN tenía mayor capacidad de carga que el Isabel Barreto. En consecuencia, comparando el costo derivado de su empleo por unidad de barril transportado y no por precio total ,el valor pagado tenía un resultado inferior en US$ 0.04 por barril, que por costo generado por el uso del buque Isabel Barreto.
En octubre de 2009, la Fiscalía Superior propuso el sobreseimiento del proceso. En diciembre, la Sala aprobó la propuesta, que luego fue ratificada por la Fiscalía Suprema.
La Corte Suprema confirmó el sobreseimiento por Ejecutoria de marzo del año 2011.